罕見病患者往往被迫經(jīng)歷漫長的診斷之旅。即使是開展外顯子組測序等擴(kuò)展性檢測，有些基因變異仍難以發(fā)現(xiàn)。一項新的研究發(fā)現(xiàn)，基因組測序可以為一些受罕見病影響的家庭提供答案。
這篇題為“Genome Sequencing for Diagnosing Rare Diseases”的論文于2024年6月5日發(fā)表在《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》上。
波士頓兒童醫(yī)院、哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院和丹娜-法伯癌癥研究所等機(jī)構(gòu)的研究人員評估了744個家庭的短讀長基因組測序數(shù)據(jù)，對其中218個家庭（29.3%）做出了分子診斷。
波士頓兒童醫(yī)院的Monica Wojcik及其同事在文中寫道：“我們利用基因組測序讓29.3%的罕見病患者獲得了可信的診斷結(jié)果，而這些往往是之前采用其他類型的檢測方法漏診的。”
研究人員指出，在這218個家庭中，61個家庭（28.0%）攜帶了外顯子組測序以及其他方法會漏掉的變異，包括復(fù)雜重排、串聯(lián)重復(fù)擴(kuò)增、結(jié)構(gòu)變異或拷貝中性轉(zhuǎn)位。
他們在之前用外顯子組測序檢測過的148個家庭中獲得了新的診斷結(jié)果，其中94個家庭也可以通過重新分析現(xiàn)有的外顯子組測序數(shù)據(jù)得出結(jié)果。
不過，這些診斷結(jié)果“也說明了幾種可能無法通過外顯子組測序或其他基因檢測方法檢測出的致病變異類型，包括小的或拷貝中性的結(jié)構(gòu)變異、內(nèi)含子變異、串聯(lián)重復(fù)擴(kuò)增和編碼變異，特別是高GC含量區(qū)域中的插入缺失或變異，”作者寫道。
研究團(tuán)隊解釋說，這些結(jié)果得到了另一個臨床重復(fù)隊列的支持，這個隊列包括另外78個疑似患有單基因罕見病的家庭。在這個隊列中，33%的家庭需要進(jìn)行基因組測序才能實現(xiàn)分子診斷，這表明這些研究結(jié)果既適用于研究環(huán)境，也適用于臨床環(huán)境。
盡管許多診斷出的家庭是歐洲血統(tǒng)，患有神經(jīng)發(fā)育疾病，但研究人員也對神經(jīng)肌肉、綜合征、血液病及其他病例做出分子診斷，覆蓋非洲、東亞、中東、南亞或混血血統(tǒng)的家庭。
“總體而言，我們的研究結(jié)果支持將基因組測序作為罕見病診斷的一線檢測方法，”作者總結(jié)道。
“基因組測序能夠檢測多種類型的致病變異，而且檢測各類變異的能力更強(qiáng)（但體細(xì)胞嵌合變異除外，基因組測序的平均覆蓋度較低，導(dǎo)致靈敏度下降），因此可取代外顯子組測序和染色體微陣列分析。”
（文章來源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-6/202466155023105.htm） | 
