| 文庫(kù)制備是測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程中非常關(guān)鍵的一環(huán)，隨著基因測(cè)序的應(yīng)用持續(xù)深化和廣泛，對(duì)高通量、高質(zhì)量、高度自動(dòng)化的測(cè)序需求與日俱增。傳統(tǒng)的手工操作會(huì)花費(fèi)大量時(shí)間，更容易帶來(lái)樣本間的誤差及交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)問題。針對(duì)這些問題，自動(dòng)化設(shè)備的引入可以有效解決其制備流程復(fù)雜、操作繁瑣、耗時(shí)長(zhǎng)、操作專業(yè)度高等一系列問題。
華大智造的自動(dòng)化樣本制備系統(tǒng)MGISP-960整合了溫控模塊、擴(kuò)增模塊、振蕩模塊、磁力架模塊等多種功能模塊，具有很高的準(zhǔn)確性和可靠性。在批量文庫(kù)制備過程中，引入自動(dòng)化設(shè)備和技術(shù)，成為越來(lái)越多高通量、交付型實(shí)驗(yàn)室的選擇。
近日，華大智造攜手翌圣生物，在高通量測(cè)序建庫(kù)試劑、國(guó)際市場(chǎng)拓展等方向達(dá)成戰(zhàn)略合作，并在自動(dòng)化建庫(kù)設(shè)備達(dá)成聯(lián)合品牌推廣合作共識(shí)。雙方將攜手一起為行業(yè)帶來(lái)更加高效、高品質(zhì)的組合產(chǎn)品，全面推動(dòng)腫瘤、病原、遺傳、科研等領(lǐng)域的發(fā)展。為了提升效率和質(zhì)量，翌圣生物的RNA建庫(kù)試劑盒在MGISP-960進(jìn)行了自動(dòng)化建庫(kù)適配。
本文將針對(duì)翌圣生物的測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建產(chǎn)品預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒Hieff NGS®Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)在華大智造MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)上的適配情況做出測(cè)評(píng)。
測(cè)評(píng)方案
翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)包含RNA片段化試劑，反轉(zhuǎn)錄試劑，常規(guī)和鏈特異性ds-cDNA合成試劑以及文庫(kù)擴(kuò)增試劑（表1）；且此試劑盒可銜接mRNA純化試劑盒或rRNA去除試劑盒構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)。此試劑盒各模塊Buffer和Enzyme已提前預(yù)混，簡(jiǎn)化試劑準(zhǔn)備的同時(shí)也減少了自動(dòng)化設(shè)備分裝混勻的步驟，使得全流程自動(dòng)化程度更高；且所有試劑都經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證，最大程度地保證了文庫(kù)構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。
翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒基于華大智造MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)，每輪實(shí)驗(yàn)（96 samples/run）建庫(kù)全流程（含mRNA捕獲）時(shí)間由手工建庫(kù)的7.5h縮短為自動(dòng)化建庫(kù)的6h，其中5.5h為自動(dòng)化運(yùn)行時(shí)間，手工操作時(shí)間僅為0.5h（圖1）。
圖1 預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒基于MGISP-960的自動(dòng)化建庫(kù)全流程（含mRNA捕獲）
測(cè)評(píng)結(jié)果
1. 穩(wěn)定的文庫(kù)產(chǎn)出
自動(dòng)化文庫(kù)產(chǎn)出約為手工文庫(kù)產(chǎn)出的80%，滿足后續(xù)測(cè)序需求；且基于翌圣預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒，文庫(kù)產(chǎn)出波動(dòng)控制在10%以內(nèi)（CV值為8%），相對(duì)手工建庫(kù)具有更好的穩(wěn)定性（圖2）。
圖2 預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒基于MGISP-960的自動(dòng)化建庫(kù)及手工建庫(kù)的文庫(kù)產(chǎn)出
2. 一致的文庫(kù)峰型
自動(dòng)化文庫(kù)峰型一致，且片段大小均符合預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)（300~400bp）。
圖3 預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒基于MGISP-960的自動(dòng)化文庫(kù)峰圖
3. 優(yōu)秀的下機(jī)數(shù)據(jù)表現(xiàn)
以翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒構(gòu)建RNA文庫(kù)，起始量1000ng human total RNA，12cycles，采用DNBSEQ-T7測(cè)序平臺(tái)，PE150測(cè)序模式，統(tǒng)一截取1G的下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，得到Q30>92%、比對(duì)率＞98 %、rRNA比例<1%等優(yōu)秀指標(biāo)（表2）。
4. 一致的分析結(jié)果
文庫(kù)的5’及3’端在測(cè)序結(jié)果中有較高的基因覆蓋度，分別為30%和50%，文庫(kù)的基因中間區(qū)域捕獲均勻；且手工文庫(kù)和自動(dòng)化文庫(kù)的基因覆蓋度表現(xiàn)高度一致（圖4）。
圖4 預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒基于MGISP-960自動(dòng)化建庫(kù)和手工建庫(kù)的基因覆蓋度
對(duì)14例樣本的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行聚類分析，顯示同批次的自動(dòng)化文庫(kù)和手工文庫(kù)均有較高的關(guān)聯(lián)性（圖5）。
圖5 14例樣本的文庫(kù)分析結(jié)果相關(guān)性
測(cè)評(píng)結(jié)論基于MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)使用翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫(kù)試劑盒Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)，僅用6小時(shí)即可完成完整的RNA文庫(kù)建庫(kù)流程。相比手工建庫(kù)，華大智造的MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)效率更高、數(shù)據(jù)表現(xiàn)穩(wěn)定，可生成高度均一的文庫(kù)。同時(shí)作為開放、可拓展的建庫(kù)設(shè)備，華大智造的MGISP系列產(chǎn)品可適配不同類型的第三方試劑，為大規(guī)模檢測(cè)的科研應(yīng)用提供卓越的自動(dòng)化建庫(kù)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。
華大智造持續(xù)深耕拓展實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化業(yè)務(wù)，已經(jīng)逐步形成了樣本前處理、核酸提取、移液工作站等全方位、全流程的自動(dòng)化產(chǎn)品線布局。華大智造一直以來(lái)堅(jiān)持以科技創(chuàng)新為本，積極搭建開放創(chuàng)新的應(yīng)用生態(tài)建設(shè)，助力生命科學(xué)行業(yè)逐步實(shí)現(xiàn)從硬件、工具到生態(tài)平臺(tái)的躍遷。
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